まずは、パフォーマンス モニタのPerfmon.exeを実行してみましょう。
僕のPCが遅くなっていた原因は、Windowsデスクトップサーチがインデックスを作成するためでした。
一定時間経過するとスリープ状態になるようにノートPCを設定していたのですが、たくさんのファイル(僕は4万ファイル程度)があるといつまでもインデックスを作成することができないようです。
対処としては、インデックス作成用にPCを半日程度稼動したままにしておくとよいです。
[コントロールパネル]、[インデックスのオプション]を起動しておき、「インデックスは完了しました。」というメッセージが表示されればOKです。